Una de las ventajas principales de la producción bajo invernadero, es la capacidad del usuario de modificar características de acuerdo a sus necesidades y condiciones climáticas, así como contrarrestar los efectos negativos del medio ambiente y plagas. Los rendimientos son superiores en invernadero a comparación con los obtenidos al aire libre, pues es más fácil modificar la humedad, temperatura, corrientes de aire, etc., generando menos incidencia de plagas en el ambiente protegido.

Además, si existe un buen manejo, el producto final será de mejor calidad, mayor peso y prácticamente con la producción asegurada. Un aspecto para tomar en cuenta, es la denominada “aireación”, ya que dentro del invernadero es importante mantener los niveles óptimos de ésta, para que exista una renovación de carbono y oxígeno. En muchos invernaderos la aireación se regula mediante cortinas, realizando labores de poda específicas o con el uso de ventiladores.

Otra de las ventajas de éste, es que la atmósfera dentro del invernadero se mantiene estable; cuando el ambiente es templado, la tasa neta de fotosíntesis se conserva en niveles altos, y el metabolismo de carbono es más eficiente. Es importante ventilar el invernadero para renovar el aire, es decir, que el bióxido de carbono (CO2) se incorpore al medio ambiente; si no existe la cantidad adecuada, puede afectar por las aplicaciones de herbicidas, propiciando también enfermedades en la raíz.

También, la aireación en los surcos es importante para que la raíz desarrolle los procesos respiratorios normales, de no ser así se produce la muerte del tejido radicular, pese a que existen algunos tratamientos contra Phytophtora infestans, Botrytis, Sclerotinia y la mayoría de hongos y bacterias. De este manera, las diferencias de producción es aproximadamente de un 20% superior en un cultivo con la atmósfera modificada; cuando existe una aireación adecuada, la producción refleja mejor calidad mas que cantidad.